Simulaciones numéricas - 2010

Para todos los estudiantes: por favor revisar esta pagina todos los viernes por novedades en la materia.

Articulos para leer

Introduction to Molecular Dynamics Simulation (pdf - 325.6 KB).

Articulo con los temas mas importantes sobre MD, por uno de los expertos mundiales en el tema.

Protein folding power play (pdf - 1001 KB).

Ciencia y sociedad estan muy entrelazados :)

tutorial Linux (pdf - 130.4 KB).

tutorial Linux (pdf - 421.7 KB).

Tutorial Linux (pdf - 262.3 KB).

Tutorial vi (pdf - 90 KB).

Input Practico 1 (uniaxial - 4.3 KB).

LAMMPS input. Debe ser modificado de acuerdo a la asignacion al final de las instrucciones del practico 1. El potencial se descarga por separado.

Potencial para Practico 1 (efs - 644.8 KB).

El potencial para el input del practico 1.

Radiacion, 48 MB (ps - 46.5 MB).

Articulo con introduccion general (hasta pag. 20) y aplicaciones a astrofisica (a partir de pag 20).

input practico3 (coll - 3 KB).

potencial H-Au practico 3 (table - 273.7 KB).

pot Au Au (eam - 35.6 KB).

Articulo sobre transmision de iones (pdf - 165.7 KB).

Archubi et al., NIMB 230 (2005) 53.

Links: software, tutoriales, etc.

Software MD: LAMMPS

Programa de MD, gratuito, open source, excelente manual, muy versatil y con excelente paralelizacion.

Software Viz: Rasmol

Muy rapido en Linux. Dibuja y rota razonablemente rapido ~10^6 atomos. Version para Windows (Raswin) util para sistemas de hasta ~10^5 atomos.

Software Viz: VMD

Mas versatil que rasmol. Mas lento para sistemas grandes. Versiones Linux y Windows. Acoplamiento con NAMD, un software muy poderoso pensado para sistemas biologicos. Toma archivos LAMMPS de input.

Tutorial MD

Un clasico, que ha servido a muchas generaciones de estudiantes de MD :)