Para todos los estudiantes: por favor revisar esta pagina todos los viernes por novedades en la materia.
Introduction to Molecular Dynamics Simulation
Articulo con los temas mas importantes sobre MD, por uno de los expertos mundiales en el tema.
Simulaciones numéricas - 2010
Articulos para leer
Ciencia y sociedad estan muy entrelazados :)
LAMMPS input. Debe ser modificado de acuerdo a la asignacion al final de las instrucciones del practico 1. El potencial se descarga por separado.
El potencial para el input del practico 1.
Articulo con introduccion general (hasta pag. 20) y aplicaciones a astrofisica (a partir de pag 20).
Articulo sobre transmision de iones
Archubi et al., NIMB 230 (2005) 53.
Links: software, tutoriales, etc.
Programa de MD, gratuito, open source, excelente manual, muy versatil y con excelente paralelizacion.
Muy rapido en Linux. Dibuja y rota razonablemente rapido ~10^6 atomos.
Version para Windows (Raswin) util para sistemas de hasta ~10^5 atomos.
Mas versatil que rasmol. Mas lento para sistemas grandes. Versiones Linux y Windows.
Acoplamiento con NAMD, un software muy poderoso pensado para sistemas biologicos.
Toma archivos LAMMPS de input.
Un clasico, que ha servido a muchas generaciones de estudiantes de MD :)